Gondiswil bildet die Nordostecke des Kantons Bern und liegt im Verwaltungskreis Oberaargau. Es grenzt an die Gemeinden Huttwil, Auswil, Madiswil, Reisiswil und Melchnau und im Osten an die Luzerner Gemeinden Grossdietwil, Fischbach und Ufhusen. Das Rotbächlein bildet die Kantonsgrenze.